Am 15. März 1943 wurde Eduard Pernkopf als Rektor der Universität Wien bei einer Feier im Festsaal der Universität inauguriert. Die so genannte Zeremonie wird als Festakt beschrieben. Neben dem Gauleiter und Reichsstatthalter Baldur von Schirach, dem Akademischen Senat, den Rektoren aller Wiener Hochschulen waren bei dieser Veranstaltung, neben Studenten und Studentinnnen, ein Vertreter des Bürgermeisters, Angehörige der Wehrmacht, der SS und Höhere Polizeiführer anwesend. Ferner nahm der Reichsminister für Wissenschaft, Erziehung und Volksbildung Bernhard Rust an der Feier teil. Der abtretende Rektor Prof. Fritz Knoll begrüßte die Anwesenden und beschrieb in einer kurzen Rede die Überführung "der Alma Mater Rudolfina in eine deutsche Universität"1, in eine nationalsozialistische Universität, die unter seinem Rektorat in den letzten fünf Jahren betrieben worden war.
In einer früheren Rede sagte Knoll: "Unsere Universität wurde vor allem rasch und gründlich von allen jenen Professoren und Dozenten befreit, die als Lehrer an einer nationalsozialistischen Hochschule nicht geeignet waren. So ist die Bahn nun frei für einen neuen Studienbetrieb und für den notwendigen Aufbau."2
Diese Phase der Gleichschaltung bzw. Selbstgleichschaltung der Universitäten wurde von Peter Lundgreen folgendermaßen beschrieben: Die "Nationalsozialistische Hochschulpolitik lässt sich in ihren Grundzügen unter fünf Aspekten kennzeichnen: Umgestaltung des Lehrkörpers durch 'Säuberungen' und politische Rekrutierungspraxis, Heranziehen einer NS-loyalen Studentenschaft, Umgestaltung der Hochschulverfassung nach dem 'Führerprinzip', Politisierung der wissenschaftlichen Disziplinen durch Orientierung an 'völkischen Gesichtspunkten', Instrumentalisierung von Forschung und Entwicklung für den Endsieg"3. In Wirklichkeit bedeutete dieses Programm die Entlassung aller jüdischen Lehrenden, ihre Vertreibung ins Exil oder ihre Ermordung in den Konzentrationslagern. Unter dem Rektor Knoll wurden die Burschenschaften und deren politische Fraktionen zum Nationalsozialistischen Deutschen Studentenbund gleichgeschaltet.

Die Inauguration des Eduard Pernkopf hatte einen staatstragenden Charakter. Bevor er seine eigentliche Rede halten durfte, überreichte ihm der Hausmeister der Universität ein Zepter, und Pernkopf leistete ein Gelöbnis: "Magnifizenz! Ich übernehme hiermit diese Kleinodien und vor allem das Zepter in meine Obhut. Ich gelobe bei diesem Anlass, dass ich die Wiener Universität als d e u t s c h e (im Original hervorgehoben) Universität führen werde, in unwandelbarer Treue zu unserem Führer Adolf Hitler. Ich gelobe, daß ich mich stets für die Steigerung unserer geistigen Leistungen einsetzen werde, als Dienst am deutschen Volke, und für die Ehre der geistigen Arbeit."4 Pernkopf bekommt nach diesen Sätzen von seinem Vorgänger eine goldene Amtskette umgehängt und hält nach einer Blasmusik-Einlage eine Rede, die ein Ausblick auf sein weiteres "wissenschaftliches" Schaffen ist. Er versichert dem nicht anwesenden Führer und Reichskanzler Adolf Hitler "die immerwährende Treue der Universität"5.
In der Folge legt er seinen Wissenschaftsbegriff dar. Er versucht die Vereinbarkeit seiner nationalsozalistischen Weltanschauung, die er als Philosophia ultima bezeichnet, mit den Wissenschaften zu erklären. "Wir müssen (...) der Philosphia ultima, der Metaphysik und ihrem Drange, das Wesen der Wirklichkeit zu erschauen, es als Aufgabe überlassen, hier eine einheitliche Weltanschauung und Welterfassung zu erstreben."6 Seine Bestrebungen, dieses Gedankenmodell auf die einzelnen wissenschaftlichen Disziplinen umzulegen scheitert, sein "pädagogisches" Ziel formuliert er recht deutlich. So wollte er zum Beispiel sein eigenes Fach, die Medizin, eigentlich abschaffen um "selbständige Medizinische Akademien zu schaffen"7. Die Aufgabe der Universität definierte Pernkopf so: "Zielsetzung: ist die Universität für uns bildungsmäßig betrachtet die höchste und reinste Ausprägung des im Volke wirkenden Geistes und die Stätte, die die Auslese der Nation zu wahren geistigen Führern heranzubilden hat, so darf sie sich nicht damit begnügen, bloß eine entsprechende fachliche und rein intellektuelle Bildung zu vermitteln. Sie muss in jeder Hinsicht durch Vorbild, charakterliche und körperliche Ertüchtigung erzieherisch wirken."8

Eduard Pernkopf war Mitglied in der Burschenschaft Alemania. Schon seit 1932 war er unterstützendes Mitglied der NSDAP und Mitglied der SA. Im Personalfragebogen der NSDAP wird seine "konsequente N.s. Haltung und Stellung innerhalb der Studentenschaft der Univ. Wien insb. in der Anatomie"9, erwähnt. Eduard Pernkopf wird dort als nationalsozialistischer Hochschullehrer bezeichnet, und wurde wegen seiner Förderung nationaler Elemente, in die 1938 wieder legale NSDAP aufgenommen.
In wissenschaftlicher Hinsicht erarbeitet sich Eduard Pernkopf einen Ruf, der noch bis vor einigen Jahren nahezu unumstritten war. Von 1937 bis 1960 erscheint sein anatomisches Lebenswerk in mehreren Bänden: "Topographische Anatomie des Menschen, Atlas der regionär strategischen Präparation." Dieser Anatomische Atlas galt noch bis vor kurzem als ein anatomisches Standardwerk, das weltweit einzigartig ist. Für die Erstellung dieses Atlas ging der Universitätsprofessor Eduard Pernkopf sozusagen über Leichen.
Die detailgetreuen Zeichnungen, die in diesem Atlas abgebildet sind, wurden anhand von unzähligen menschlichen Körpern und Organen vorgenommen. Die Grundlagen dafür bildeten Leichen von am Landesgericht Wien hingerichteten WiderstandskämpferInnen, Juden und Jüdinnen oder so genannte Kriminelle.
"Für die in der Strafvollzugsanstalt Wien I Hingerichteten wurde gemäß Rundverfügung vom 19. Februar 1939 vom Justizminister in aller Regel bestimmt, daß ihre Leichen dem Institut für Anatomie an der Universität zu übergeben seien. Eine reichseinheitliche Regelung der Ablieferung Justifizierter an anatomische Institute wurde im Einverständnis mit dem Reichsminister für Justiz auf dem Verordnungsweg vom Reichsminister für Wissenschaft und Erziehung und Volksbildung erlassen. Da sowohl den Verteidigern als auch den Anstaltsgeistlichen verboten war, die Angehörigen von einer geplanten Hinrichtung zu verständigen, konnten Ansuchen für die Herausgabe des Leichnams des Hingerichteten oftmals nicht rechtzeitig eingebracht werden. Meist waren die Angehörigen über die einschlägigen Vorschriften nicht einmal informiert worden."10

Wurden von 1938 bis 1941 111 Menschen am Landesgericht Wien hingerichtet, so waren es
1942: 308 Menschen,
1943: 487 Menschen,
1944: 372 Menschen, und im Jahr
1945: 81 Menschen.11
In diesen Jahren wurden in Wien-Kagran auch unzählige Wehrmachtsangehörige aus den unterschiedlichsten Gründen standrechtlich erschossen. Die Körper dieser Menschen wurden von Eduard Pernkopf und seinen Mitarbeitern ebenfalls "wissenschaftlich bearbeitet." Genaue Zahlen und Namen dieser Menschen konnte die von der Universität Wien eingerichtete Senatskommission 1998 nicht feststellen, da dafür keine Forschungsgelder vorhanden waren. Wie viele ermordete Menschen Eduard Pernkopf und seine Mitarbeiter für die wissenschaftliche Forschung auch verwendet haben, ihr Tod ermöglichte erst die "Einzigartigkeit" des sogenannten Pernkopf-Atlas. Denn hier konnte zum ersten Mal die menschliche Anatomie an Körpern studiert werden, die nicht eines natürlichen Todes gestorben waren, sondern die sehr jung waren und deren Organe nicht durch Krankheit oder schädliche Umwelteinflüsse "beeinträchtigt" gewesen sind.

Mit dem Zusammenbruch der Nazidiktatur flüchtete Eduard Pernkopf nach Salzburg, wo er im August 1945 verhaftet wurde. "In dem von den Amerikanern für ehemalige Nationalsozialisten und Kriegsverbrecher eingerichteten Lager Glasenbach (Camp Marcus W. Orr) war Pernkopf dann etwa zwei Jahre lang interniert"12. Nach seiner Entlassung versucht er im Nachkriegsösterreich wieder Fuss zu fassen. Die Universität hatte ihn entlassen, und die Zukunftsmöglichkeiten waren für so prominente Nazis wie Eduard Pernkopf im Nachkriegsösterreich nicht gut. Doch nach mehreren Versuchen findet er einen Weg seine Nazi-Karriere umzudichten. Das Amt der Salzburger Landesregierung jedenfalls zeigte sich bereit, die Entnazifizierung des ehemaligen Rektors der Universität Wien möglich zu machen. Mit Bescheid vom 16.03.1949 wurde sein Einspruch gegen die Registrierung als "Belasteter" stattgegeben. Pernkopf hatte die Behörde davon überzeugen können, daß er die Dienstcharge eines SA-Obersturbannführers der Sanität nur "ehrenhalber und rein "formell" verliehen erhalten hatte."13 Aus dem nationalsozialistischen Universitätsrektor war ein "kleiner Mitläufer" geworden. Damit stand einer Fortsetzung seiner wissenschaftlichen Arbeit nichts mehr im Weg. Pernkopf hielt zwar keine Vorlesungen mehr, doch er konnte seine Arbeit über die "Topographische Anatomie des Menschen, Atlas der regionär strategischen Präparation" am Anatomischen Institut der Universität Wien fortsetzen. Trotzdem das Institut gegen Ende des Krieges von einer Fliegerbombe getroffen wurde, waren noch unzählige Präparate erhalten geblieben, somit konnten weitere Bände des Pernkopf-Atlas erscheinen.

"Die Geschichte des Pernkopf-Atlas ist zu einem Demonstrationsbeispiel österreichischer Vergangenheitsbewältigung geworden."14 Im März 1952 druckten die Salzburger Nachrichten einen Artikel, der sich mit dem dritten Band des Pernkopf-Atlas beschäftigte. "Der in der ganzen Welt bisher unerreichte Vorzug des Werkes besteht in der plastischen wissenschaftlichen Darstellung der Anatomie des menschlichen Körpers, so dass sie als Grundlage für Operationen und für die Lehrtätigkeit herangezogen werden kann. Es wurden keine Photographien, sondern durchwegs auf Grund von Präparaten hergestellte vierfärbige Zeichnungen verwendet. Wissenschaftler der verschiedenen Staaten haben bestätigt, dass dieses Verfahren, das ein außergewöhnliches Maß individueller Kunst erfordert, bisher in keinem Land der Welt verwirklicht werden konnte und auch mit den besten technischen Mitteln arbeitende Institute in den Vereinigten Staaten diese Leistung nicht erreichen konnten. Übersetzungen in die Weltsprachen sind bereits abgeschlossen worden, für jede Ausgabe des Werkes wird Bildmaterial von Wien aus geliefert werden"15. Als daraufhin in der österreichischen Öffentlichkeit Stimmen laut werden, die nach der Herkunft der Präparate fragen, meldet sich die Zeitung "Der Montag" mit einem Artikel zu Wort, der wieder eine kolossale Umdeutung der Entstehungsgeschichte vornimmt. "Es ist ein Werk, auf das Österreich mit Recht stolz sein kann: In Östereich ersonnen und geplant, von österreichischen Künstlern geschaffen und zur Gänze in Österreich hergestellt"16. Die Nazivergangenheit des Eduard Pernkopf wurde verschwiegen. "Glückliches Österreich, dass es Männer besitzt, die der ganzen Welt dienen und helfen. Armes Österreich, das diese Männer aus politischer Rachsucht ihrer Habseligkeiten beraubt, sie jahrelang in einem Kabinett hausen lässt und nichts gegen ihre Abwanderung in das Ausland (Professor Pernkopf erhielt kürzlich eine ehrenvolle Berufung nach Kairo!) unternimmt!..."17

Wie Peter Malina in dem Bericht des Akademischen Senats zur Geschichte des Pernkopf-Atlas beschreibt, fragte schon 1966 "E. S. Horowitz von den Geigy Research Laboratories unter Bezug auf 'some disquieting rumors' um Auskunft über Pernkopfs 'political affiliation and behavior during the nazi period'".18 Die Anfrage aus dem Ausland erregte damals kein Aufsehen, erst als der Kanadische Mediziner William E. Seidelman und Yad Vashem 1995 die Universitäten Wien und Innsbruck nach der Entstehungsgeschichte des Pernkopf-Atlas fragen, beginnt in Österreich eine Auseinandersetzung mit der Geschichte.
"Über den politischen Hintergrund Pernkopfs wurde nach 1945 bis in die Gegenwart in der Regel nicht mehr gesprochen, da sein wissenschaftlicher Ruf seine politische Lebensgeschichte vollkommen überdeckte. Dies mag auch damit zusammenhängen, dass der fachlich-wissenschaftlich interessierte Blick die gesellschaftlichen Rahmenbedingungen wissenschaftlicher Forschung nicht zur Kenntnis nehmen wollte. Erst in jüngster Zeit ist in der historisch sozialwissenschaftlichen Forschung der 'schmutzige Fortschritt' im Zusammenhang mit den Aktivitäten der Medizin im Nationalsozialismus zur Diskussion gestellt worden"19.
Das 1998 abgeschlossene Senatsprojekt der Universität Wien beschreibt die Entstehungsgeschichte des Pernkopf-Atlas. Es untersucht akribisch genau die einzelnen Aspekte seiner Herstellung und räumt mit dem gut gestrickten Mythos, dass diese Publikation eine Weltleistung eines österreichischen Wissenschaftlers wäre auf. Es ist, wie der Historiker Peter Schwarz vom Dokumentationsarchiv des österreichischen Widerstands gegenüber dem Autor des Beitrages meinte, "ein Pilotprojekt österreichischer Vergangenheitsbewältigung, das für alle anderen Universitäts-Institute mit ähnlicher Vergangenheit Maßstäbe setzt. Natürlich war der budgetäre Rahmen nicht sehr groß, doch die wichtigsten Fragestellungen konnten recherchiert und publiziert werden." Peter Schwarz, der an diesem Senatsprojekt mitgearbeitet hat, bewertet das Senatsprojekt positiv, weist aber darauf hin, "dass es natürlich unzählige weitere wissenschaftliche Gebiete und Institutionen gibt, bei denen die Forschung erst am Anfang steht."
An alle Bibliotheken weltweit, in denen der Pernkopf-Atlas steht, erging ein Schreiben, das seine Entstehungsgeschichte erklärt und das dem anatomischen Atlas hinzugefügt wurde. Damit die LeserInnen selbst entscheiden können, wie sie mit dem Pernkopf-Atlas umgehen sollen. Als wissenschaftliches Standardwerk hat er nicht nur moralisch ausgedient, mittlerweile gibt es Computertomographien, die den menschlichen Körper wesentlich besser und genauer beschreiben. Sie lassen sich in jedem größeren Krankenhaus herstellen, ohne dass Menschen dafür umgebracht werden müssen.